El fondo documental José Toribio Merino reúne distintos tipos de documentos, los cuales se encuentran estructurados en dos grande ejes:
Documentos personales: Esta sección abarca aspectos de su vida privada, académica y naval (Bitácoras de viaje, correspondencia, fotografías blanco/negro y a color). Incluye una colección de 150 sobres en diversos formatos, agradecimientos, invitaciones y recortes de prensa. Destacan especialmente sus bitácoras manuscritas, las cuales contienen mapas a color elaborados por el propio productor en papel vegetal.
Documentos oficiales: Organizados en 17 series, estos documentos cubren el periodo de 1899 a 1996. Entre ellos, sobresalen la correspondencia entre Arturo Prat y Carmela Carvajal, registros de gastos del Ejército y la Armada en 1883, y diversos registros navales.
Una parte significativa de los documentos oficiales se relaciona con el periodo de la Unidad Popular, incluyendo transcripciones de grabaciones del “Programa Alerta” de Radio Portales e informes reservados sobre el avance estratégico de países vecinos sobre un posible conflicto.
El periodo comprendido entre 1973 y 1990 contiene una vasta documentación relativa a la Junta Militar, como oficios, informes, correspondencias, decretos y minutas. Este volumen se subdivide de acuerdo con los distintos “Gabinetes Ministeriales” que funcionaron hasta 1990:
Interior: Incluye el proceso de las elecciones de 1990.
Relaciones Exteriores: Aborda temas relevantes como el Conflicto del Beagle, el Tratado de Lima de 1929 y la Delegación de Chile ante la OEA.
Jefatura del Estado Presidencial: Destaca la planificación estratégica y la coordinación de las Fuerzas Armadas.
Economía, Fomento y Reconstrucción: Contiene documentos sobre el Banco Central, CORFO, y la reactivación del turismo en la V Región.
Hacienda: Incluye temas sobre reforma tributaria, aporte y gasto fiscal.
Educación Pública: Abarca documentos sobre la creación de la nueva sede de la Universidad de Chile en Valparaíso, instituciones de educación superior y políticas culturales.
Obras Públicas: Resaltan dos temas: la expansión ferroviaria en La Dormida y la inauguración del Metro de Santiago en 1975.
Trabajo y Previsión Social: Contiene documentos sobre la Reforma Previsional.
Minería: Incluye el conflicto de la Fábrica El Melón e informes de ENAMI y ENAP.
Vivienda y Urbanismo: Presenta documentos relacionados con políticas habitacionales.
Oficina de Planificación: Contiene documentos oficiales de ODEPLAN.
Poder Legislativo y Judicial: Incluye documentos oficiales y ministeriales

Informe mecanografiado sobre el análisis del Plan Habitacional de 1975, el cual exige modificar el esquema actual, en el que el Estado asumió la responsabilidad financiera ante el repliegue privado para crear un nuevo sistema integrado que combine esfuerzos políticos públicos y privados en un proceso auto-dinámico y de menos actividad estatal. Se propone vincular el pago de la vivienda a una porción del ingreso familiar, establecer un régimen de subsidios para viviendas de interés social y fomentar la organización de la demanda mediante cooperativas, buscando asegurar un proceso de inversión en sector y corregir el problema de la cartera hipotecaria que ha afectado al sector estatal

Informe secreto mecanografiado elaborado por el Departamento de Sociología de la Dirección de Relaciones Humanas de la Junta de Gobierno, mediante la cual se analiza la opinión de las dueñas de casa del Gran Santiago sobre la situación económica entre octubre de 1973 y enero de 1974 utilizando encuestas del INE para crear dos índices: índices de opinión sobre situación económica del país e índice de opinión sobre situación económica personal.

Publicación N°37 de 25 de octubre de 1973 editada por C.E.P., Lima. La mayor parte de este número está dedicado al tema de la Propiedad Social. Comprende sumario: Declaraciones: Comisión Episcopal de Acción Social, Movimiento Sacerdotal ONIS; Artículo: La Propiedad Social y los trabajadores; Sobre Chile: Campaña periodística contra el régimen de Allende; Documentos: Asamblea Regional de Ica-Huacho. Crónica del Movimiento.

Publicación N°38-39 de 10 de diciembre de 1973 editada por C.E.P., Lima. Número doble. Comprende sumario: Editorial. Últimos acontecimientos; Crónica de los sucesos de Cuzco; Conflictos laborales; Propiedad Social y Derecho de los trabajadores; Despilfarro e irracionalidad: Planificación Urbana; Reflexión: Dar razón de la esperanza; Documentos: Chile. La amenaza fascista. Nuevo dossier.

Publicación N°41 de 8 de mayo de 1974 editada por C.E.P., Lima. Número conmemorativo al 01 de mayo, Día del Trabajo. Comprende sumario: Pascua de Resurrección; Testimonio de Luis Aguilar Vásquez; Cronología del Congreso de la CGTP; Crisis de la energía y la economía mundial (III); Reflexión: el gesto creador de la cruz; Entrevista a García Márquez; Texto íntegro de la homilía del Cardenal de Chile.

Publicación N°4 de 10 de noviembre de 1974 editada por C.E.P., Lima. Comprende sumario: Presentación; Chile: La peor de las represiones; Experiencia y reflexión. Notas de una Iglesia Popular; Conflictos laborales; Entrevistas a los dirigentes del Hermitaño; Documentos: Entrevista a Monseñor Camus; Noticias sobre Monseñor Proaño. Alto al fascismo en Uruguay; Separata teológica de Juan Luis Segundo.

Revista Pluma & Pincel sin número de agosto de 1985, dirigida por Gregorio Goldenberg. Comprende: Carta del Director y una carta al Director; Sumario con 12 secciones: Historia; ideas; filosofía; en el año de Orwell; ballet; teatro; plástica; cine; ocurre; ideas; literatura; libros. En portada a color consigna título: "Toda la cultura"; "¿Para qué poetas en épocas de penurias?"; "Un nuevo crimen de Cain"; "Además: Mapa de la extrema riqueza...¡1882!. Descubriendo a Cristóbal Colón"; "Sin Cultura Popular no hay Cultura Nacional". Incluye ilustraciones en blanco/negro.