El Comando Conjunto fue una organización clandestina de inteligencia de la dictadura militar chilena, que persiguió y ejecutó a opositores del régimen de Augusto Pinochet. Operó entre 1975 y 1976, periodo en el cual secuestró, torturó e hizo desaparecer al menos a treinta personas, casi todas ellas dirigentes del Partido Comunista de Chile. Funcionó de facto —sin una formalización institucional como sí lo hizo la DINA— bajo el alero de la Dirección de Inteligencia (DIFA) de la Fuerza Aérea de Chile (FACh), pero también tuvo en sus filas a integrantes del Ejército, la Armada, Carabineros y civiles que habían pertenecido al grupo paramilitar de extrema derecha Patria y Libertad.
La existencia del aparato represor se reveló públicamente en 1984, luego de que el suboficial de la FACh Andrés Valenzuela Morales desertara de la institución y confesara a la periodista Mónica González de la revista Cauce su participación en las desapariciones forzadas que realizaba el Comando Conjunto. Su testimonio, publicado en diciembre de ese año, permitió conocer por primera vez en forma detallada los vejámenes y torturas a los cuales fueron sometidas víctimas de la dictadura militar, y los métodos empleados para hacerlas desaparecer.

Este período abarca desde el golpe militar del 11 de septiembre de 1973, hasta el 11 de marzo de 1990, fecha en que asume Patricio Aylwin Azócar, presidente que inaugura la transición a la democracia.
Derrocado el gobierno el 11 de septiembre de 1973, una Junta Militar toma el poder político, estableciendo un gobierno autoritario. Entre otras medidas inmediatas, decreta la clausura el Congreso Nacional, el receso a los partidos políticos e instaura el Estado de Sitio en todo el país. La Junta Militar gobernó el país hasta el 11 de marzo de 1990 y en sus comienzos estuvo integrada por el general Augusto Pinochet Ugarte, Comandante en Jefe del Ejército, general Gustavo Leigh Guzmán, Comandante en Jefe de la Fuerza Aérea, almirante José Toribio Merino Castro, Comandante en Jefe de la Armada, y por el general César Mendoza Durán, General Director de Carabineros.

El Ejército de Chile es la rama de las Fuerzas Armadas de Chile encargada de la defensa terrestre de Chile, cuya misión es mantener la seguridad exterior, la soberanía y la integridad territorial de la República.

Juan Fernando Alfredo Torres Silva nació en Santiago el 3 de julio de 1939,​ fue un militar y abogado chileno que durante la dictadura de Augusto Pinochet se desempeñó como fiscal militar y posteriormente auditor general del Ejército. Considerado uno de los hombres fuertes del régimen, que estuvo preso en el penal Punta Peuco por su participación en el asesinato del exquímico de la DINA, Eugenio Berríos. Finalmente, muere el día 12 de mayo de 2021.

se constituyen por el Ejército (desde 1810), la Armada (desde 1817) y la Fuerza Aérea (desde 1930) y son dependientes del Ministerio de Defensa Nacional (MDN). La Constitución les encomienda la defensa del país y establece su carácter esencial en la seguridad nacional.

A nivel de trabajo conjunto, existe el Estado Mayor Conjunto de la Defensa de Chile, integrado por miembros de cada una de las ramas de las FF.AA., que asesora al presidente de la República en sus materias propias.

El Ministro de Defensa es el superior administrativo en la cadena de mando y, solo en caso de guerra, el presidente de la República asume la jefatura suprema de las Fuerzas Armadas.2​

Por su origen y tradición, Carabineros de Chile son a menudo mencionados en conjunto con las Fuerzas Armadas, pero por ley no son parte de ellas en tiempos de paz.

Guillermo Garín, General del Ejército fue Subjefe del estado mayor presidencial, Jefe de la Casa Militar y Vicecomandante en jefe del Ejército.
Asumió la coordinación de la defensa de Augusto Pinochet, en lo que respecta a los casos de violaciones a los derechos humanos como en el Caso Riggs.

Fue un contador, militar del Ejército de Chile y político chileno, militante de la Unión Demócrata Independiente (UDI). Durante la dictadura militar del general Augusto Pinochet, fue miembro del Comité Asesor Presidencial en la década de 1970; donde según su opinión: «actuó como barrera de contención donde topaban los proyectos ultra-liberales del equipo civil».

Asimismo, bajo el régimen militar se desempeñó en numerosos cargos, entre ellos como; ministro vicepresidente ejecutivo de la Corporación de Fomento a la Producción (Corfo, 1975-1979), subsecretario de Relaciones Exteriores (1980-1981), ministro-director de la Oficina de Planificación Nacional (Odeplan, 1981-1982) y, ministro de Economía, Fomento y Reconstrucción (1983). En este último le correspondió el 14 de junio de ese año —en una sorpresiva aparición por televisión—, anunciar el fin del dólar a $39 pesos, el cual se revaluó a $46. Por último fue intendente de la Región de Magallanes y la Antártica Chilena, desde 1984 hasta 1986.

Fue General de Brigada e Intendente de la VIII Región, Jefe de la Tercera División del Ejercito; Director Escuela Militar Bernardo O'Higgins. Junto con el comandante de la Base Naval, Antonio Costa Bobadilla crearon el Centro de Inteligencia Regional (CIRE), una especie de Comando Conjunto en enero de 1974 para actividades represivas en la VIII Región.
El coronel Floody se formó como oficial de Caballería. En 1964, siguió un Curso para Oficiales de Blindados en Fort Knox , Estados Unidos. Inmediatamente después del golpe, el mismo año 1973 fue promovido a general de Brigada. En septiembre de 1973 Nilo Floody Buxton era coronel de Ejército y director de la Escuela Militar, en donde se instaló el Puesto Nº 3 de enlace.