El fondo documental José Toribio Merino reúne distintos tipos de documentos, los cuales se encuentran estructurados en dos grande ejes:
Documentos personales: Esta sección abarca aspectos de su vida privada, académica y naval (Bitácoras de viaje, correspondencia, fotografías blanco/negro y a color). Incluye una colección de 150 sobres en diversos formatos, agradecimientos, invitaciones y recortes de prensa. Destacan especialmente sus bitácoras manuscritas, las cuales contienen mapas a color elaborados por el propio productor en papel vegetal.
Documentos oficiales: Organizados en 17 series, estos documentos cubren el periodo de 1899 a 1996. Entre ellos, sobresalen la correspondencia entre Arturo Prat y Carmela Carvajal, registros de gastos del Ejército y la Armada en 1883, y diversos registros navales.
Una parte significativa de los documentos oficiales se relaciona con el periodo de la Unidad Popular, incluyendo transcripciones de grabaciones del “Programa Alerta” de Radio Portales e informes reservados sobre el avance estratégico de países vecinos sobre un posible conflicto.
El periodo comprendido entre 1973 y 1990 contiene una vasta documentación relativa a la Junta Militar, como oficios, informes, correspondencias, decretos y minutas. Este volumen se subdivide de acuerdo con los distintos “Gabinetes Ministeriales” que funcionaron hasta 1990:
Interior: Incluye el proceso de las elecciones de 1990.
Relaciones Exteriores: Aborda temas relevantes como el Conflicto del Beagle, el Tratado de Lima de 1929 y la Delegación de Chile ante la OEA.
Jefatura del Estado Presidencial: Destaca la planificación estratégica y la coordinación de las Fuerzas Armadas.
Economía, Fomento y Reconstrucción: Contiene documentos sobre el Banco Central, CORFO, y la reactivación del turismo en la V Región.
Hacienda: Incluye temas sobre reforma tributaria, aporte y gasto fiscal.
Educación Pública: Abarca documentos sobre la creación de la nueva sede de la Universidad de Chile en Valparaíso, instituciones de educación superior y políticas culturales.
Obras Públicas: Resaltan dos temas: la expansión ferroviaria en La Dormida y la inauguración del Metro de Santiago en 1975.
Trabajo y Previsión Social: Contiene documentos sobre la Reforma Previsional.
Minería: Incluye el conflicto de la Fábrica El Melón e informes de ENAMI y ENAP.
Vivienda y Urbanismo: Presenta documentos relacionados con políticas habitacionales.
Oficina de Planificación: Contiene documentos oficiales de ODEPLAN.
Poder Legislativo y Judicial: Incluye documentos oficiales y ministeriales

Folleto publicado por el Departamento de Propaganda y Difusión Cultural del Partido Socialista Auténtico. Contiene introducción del Comité Central Ejecutivo del Partido Socialista y el discurso pronunciado por Carlos Ibáñez el Campo en Valparaíso.

Documento publicado por departamento de propaganda del Partido Liberal. Contiene discurso del senador Gustavo Rivera Baeza en el el marco de una conferencia dada en Santiago, Valparaíso y Concepción. Consigna títulos: El congreso de la Unión Liberal Mundial; La reunión de las izquierdas republicanas; El cristianismo y las ideas liberales; El liberalismo y la cuestión social.