La historia del FCE se remonta al 3 de septiembre de 1934, época en la que uno de los más destacados intelectuales mexicanos del siglo XX, Daniel Cosío Villegas, comprendió la urgencia de crear una biblioteca que pudiera atender las necesidades de los estudiantes de la recién fundada Escuela Nacional de Economía. Desde un comienzo la empresa fue concebida sin fines lucrativos, siendo financiada por el Estado, para de este modo poder impulsar la cultura sin condicionarla ni censurarla.
Durante sus primeros 15 años de vida se publicaron 342 títulos comprendidos en colecciones que abarcaban temáticas que iban desde Economía hasta Filosofía; en este mismo período se comenzó a promover la publicación de obras en lengua española. En el período siguiente, de 1948 a 1965, se publicaron más de 800 títulos, revela el sitio oficial del FCE.
Para estos años, el patrimonio de la editorial no paraba de crecer, haciendo sentir su presencia no sólo en la vida cultural de México sino también en la de Iberoamérica. Un crecimiento que no hacía referencia únicamente al número de colecciones y títulos, sino también a las redes de distribución.
En la década 1990-2000 se lanzaron una serie de iniciativas, como por ejemplo Periolibros, proyecto que consistía en la publicación de obras de autores iberoamericanos de reconocida trayectoria. También se crearon dos colecciones de libros para niños y jóvenes, denominadas “A la Orilla del Viento” y “Travesías”; al igual que en colaboración con la UNESCO comenzaron a trabajar para resguardar el material bibliográfico de diferentes escritores, entre otras tantas iniciativas.
Desde su fundación, esta casa editorial ha sido consciente de que el libro es un objeto vivo y sensible a las transformaciones sociales, razón por la que en la actualidad se ha fijado una serie de metas de modernización basadas en dos principios fundamentales: mantener el prestigio de la editorial en cuanto a salvaguardar la cultura iberoamericana y estar abierta a cualquier corriente de promoción de la cultura.