El fondo Fernando Matthei Aubel está compuesto por 4 series. La primera serie contempla documentación oficial sobre su formación en la Fuerza Aérea de Chile, incluyendo antecedentes de su instrucción tanto en el país como en el extranjero, particularmente en Estados Unidos, Air University, headquartered at Maxwell AFB, Alabama. La segunda serie reúne reproducciones de carácter personal que resumen su historial laboral. La tercera serie contiene documentos producidos durante su participación como miembro de la Junta Militar de Gobierno, 1978-1990, con especial énfasis en en antecedentes vinculados al plebiscito nacional de 1988. La cuarta serie se encuentran documentos varios, que abarcan desde su etapa escolar en 1944 hasta el año 1997 con documentos vinculados al Senado de Chile.

Contiene documentación relativa a la interacción del General Covarrubias mientras se desempeñó como Jefe de Estado Mayor Presidencial desde 1974 hasta 1979. En ella aparecen informes de reuniones, artículos de prensa, cartas y correspondencia del mismo general. Además, existen variados informes sobre la Embajada de Estados Unidos en Chile, sobre el político Henry Kissinger. Finalmente, documentos relativos a la discusión de proyectos legislativos en el Senado.