El fondo documental José Toribio Merino reúne distintos tipos de documentos, los cuales se encuentran estructurados en dos grande ejes:
Documentos personales: Esta sección abarca aspectos de su vida privada, académica y naval (Bitácoras de viaje, correspondencia, fotografías blanco/negro y a color). Incluye una colección de 150 sobres en diversos formatos, agradecimientos, invitaciones y recortes de prensa. Destacan especialmente sus bitácoras manuscritas, las cuales contienen mapas a color elaborados por el propio productor en papel vegetal.
Documentos oficiales: Organizados en 17 series, estos documentos cubren el periodo de 1899 a 1996. Entre ellos, sobresalen la correspondencia entre Arturo Prat y Carmela Carvajal, registros de gastos del Ejército y la Armada en 1883, y diversos registros navales.
Una parte significativa de los documentos oficiales se relaciona con el periodo de la Unidad Popular, incluyendo transcripciones de grabaciones del “Programa Alerta” de Radio Portales e informes reservados sobre el avance estratégico de países vecinos sobre un posible conflicto.
El periodo comprendido entre 1973 y 1990 contiene una vasta documentación relativa a la Junta Militar, como oficios, informes, correspondencias, decretos y minutas. Este volumen se subdivide de acuerdo con los distintos “Gabinetes Ministeriales” que funcionaron hasta 1990:
Interior: Incluye el proceso de las elecciones de 1990.
Relaciones Exteriores: Aborda temas relevantes como el Conflicto del Beagle, el Tratado de Lima de 1929 y la Delegación de Chile ante la OEA.
Jefatura del Estado Presidencial: Destaca la planificación estratégica y la coordinación de las Fuerzas Armadas.
Economía, Fomento y Reconstrucción: Contiene documentos sobre el Banco Central, CORFO, y la reactivación del turismo en la V Región.
Hacienda: Incluye temas sobre reforma tributaria, aporte y gasto fiscal.
Educación Pública: Abarca documentos sobre la creación de la nueva sede de la Universidad de Chile en Valparaíso, instituciones de educación superior y políticas culturales.
Obras Públicas: Resaltan dos temas: la expansión ferroviaria en La Dormida y la inauguración del Metro de Santiago en 1975.
Trabajo y Previsión Social: Contiene documentos sobre la Reforma Previsional.
Minería: Incluye el conflicto de la Fábrica El Melón e informes de ENAMI y ENAP.
Vivienda y Urbanismo: Presenta documentos relacionados con políticas habitacionales.
Oficina de Planificación: Contiene documentos oficiales de ODEPLAN.
Poder Legislativo y Judicial: Incluye documentos oficiales y ministeriales

Unidad documental compuesta que reúne informes mecanografiados y documentos internos de la Junta Militar centrándose en la justificación y consolidación del golpe de Estado. Se incluyen análisis de planes de reforma económica, evaluaciones de la situación social y urbana, y propuestas de transición política. Incluye informes de inteligencia sobre la DINA, la percepción internacional y la actividad opositora, junto con estudios sobre reformas institucionales (pensiones, seguros, leyes orgánicas) y política cultural.