La historia del FCE se remonta al 3 de septiembre de 1934, época en la que uno de los más destacados intelectuales mexicanos del siglo XX, Daniel Cosío Villegas, comprendió la urgencia de crear una biblioteca que pudiera atender las necesidades de los estudiantes de la recién fundada Escuela Nacional de Economía. Desde un comienzo la empresa fue concebida sin fines lucrativos, siendo financiada por el Estado, para de este modo poder impulsar la cultura sin condicionarla ni censurarla.

Durante sus primeros 15 años de vida se publicaron 342 títulos comprendidos en colecciones que abarcaban temáticas que iban desde Economía hasta Filosofía; en este mismo período se comenzó a promover la publicación de obras en lengua española. En el período siguiente, de 1948 a 1965, se publicaron más de 800 títulos, revela el sitio oficial del FCE.

Para estos años, el patrimonio de la editorial no paraba de crecer, haciendo sentir su presencia no sólo en la vida cultural de México sino también en la de Iberoamérica. Un crecimiento que no hacía referencia únicamente al número de colecciones y títulos, sino también a las redes de distribución.

En la década 1990-2000 se lanzaron una serie de iniciativas, como por ejemplo Periolibros, proyecto que consistía en la publicación de obras de autores iberoamericanos de reconocida trayectoria. También se crearon dos colecciones de libros para niños y jóvenes, denominadas “A la Orilla del Viento” y “Travesías”; al igual que en colaboración con la UNESCO comenzaron a trabajar para resguardar el material bibliográfico de diferentes escritores, entre otras tantas iniciativas.

Desde su fundación, esta casa editorial ha sido consciente de que el libro es un objeto vivo y sensible a las transformaciones sociales, razón por la que en la actualidad se ha fijado una serie de metas de modernización basadas en dos principios fundamentales: mantener el prestigio de la editorial en cuanto a salvaguardar la cultura iberoamericana y estar abierta a cualquier corriente de promoción de la cultura.

Fue una empresa editorial chilena creada en octubre de 1973 por la dictadura militar de Augusto Pinochet, en reemplazo de la Empresa Editora Nacional Quimantú.
Durante los primeros meses de 1971 el gobierno de la Unidad Popular tomó el control de la empresa editorial Zig-Zag, creando a partir de ella a la Empresa Editora Nacional Quimantú. Este proyecto operó entre abril de 1971 y septiembre de 1973, imprimiendo cerca de 250 títulos, con una producción de más de 500 mil ejemplares al mes.

La dictadura militar que surge del golpe de Estado del 11 de septiembre de 1973 clausura Quimantú, y el 20 de diciembre la refunda bajo el nombre de Editora Nacional Gabriela Mistral,2 con una nueva orientación ideológica. En la dirección de este proyecto editorial se designó al general retirado Diego Barros Ortiz, y como gerente general asumió el académico de la Universidad de Chile Mario Correa Saavedra, que anteriormente se había desempeñado en Quimantú. El Comité editorial, por otro lado, fue integrado por una combinación de nombres del mundo político y del espacio cultural conservador, donde destacan Nina Donoso Correa, Agustín Billa Garrido, Enrique Bunster, Fernando Campos Harriet, Enrique Campos Menéndez, Hernán Larraín Fernández, Álvaro Puga Cappa, Héctor Riesle Contreras y Tomás Mac Hale

La ENGM mantuvo algunas colecciones heredadas de Quimantú (como "Minilibros" y "Nosotros, los chilenos"), pero su principal orientación estuvo en servir de respaldo a la nueva institucionalidad y cultura nacional promovida por el régimen.​ En términos doctrinarios, se ha señalado que la empresa tuvo una dirección principalmente orientada desde el polo nacionalista de la dictadura militar, aunque con participación del sector neoliberal. Esto permitió que, junto con literatura de historia y pensamiento tradicionalista, fuese uno de los primeros espacios culturales desde los que se realizó divulgación con respecto a la apertura económica que comenzaba a diseñarse.

La empresa deja de operar como editorial en 1976,3​ y sus máquinas fueron finalmente rematadas en 1982.​ Esto se atribuye a que la empresa no habría cumplido con los objetivos esperados, y por otro lado, por el creciente predominio del sector neoliberal de la dictadura, por sobre los elementos nacionalistas que tenían mayor interés en el trabajo cultural.