Los orígenes del actual Ministerio de Desarrollo Social se remontan al gobierno de Eduardo Frei Montalva (1964-1970), con la creación de la Oficina de Planificación (ODEPLAN) como un organismo técnico de planificación nacional. Inicialmente, la oficina funcionó sin reconocimiento jurídico, dependiendo directamente de la Presidencia de la República. En 1967, adquirió la calidad de servicio público descentralizado con patrimonio propio.
Durante este periodo, se crearon las Oficinas Regionales de Planificación (ORPLAN), las cuales evolucionaron para convertirse en las Secretarías Regionales de Planificación y Coordinación (SERPLAC), sirviendo como órganos asesores de las autoridades regionales.
En 1990, mediante el Decreto de Ley N° 18.899, ODEPLAN se transformó en el Ministerio de Planificación y Cooperación. Su misión se amplió para incluir la colaboración en el diseño de políticas nacionales, la propuesta de metas de inversión pública, la evaluación de proyectos financiados por el Estado y la coordinación de iniciativas para erradicar la pobreza.
ODEPLAN es parte de un acierto administrativo mayor, resultado de las conclusiones de la Conferencia de Punta del Este de 1961. El presidente Frei Montalva supo aprovechar estas conclusiones para impulsar reformas significativas en áreas como la administrativa, agraria, tributaria y de planificación.

El período de la dictadura militar en Chile se extiende desde el golpe de Estado del 11 de septiembre de 1973, que puso fin al gobierno de Salvador Allende, hasta el 11 de marzo de 1990, fecha en que asume la presidencia Patricio Aylwin Azócar, inaugurando la transición a la democracia.
Tras el derrocamiento del gobierno, una Junta Militar asumió el poder, estableciendo un régimen autoritario. Trece días después del golpe, mediante el Decreto Ley N° 27, se disolvió el Congreso Nacional, se pusieron en receso los partidos políticos y se instauró el Estado de Sitio en todo el país. La Junta Militar justificó que asumía la labor legislativa para "acelerar el cumplimiento de sus funciones". Además, el 13 de septiembre de 1973, se declaró la caducidad de todos los registros electorales del país, aduciendo la "comprobada existencia de graves y extendidos fraudes electorales".
La Junta Militar, que gobernó el país hasta 1990, estuvo inicialmente integrada por: General Augusto Pinochet Ugarte, Comandante en Jefe del Ejército. Entre 1973 y 1978, Pinochet consolidó su poder sobre los demás miembros de la Junta; General Gustavo Leigh Guzmán, Comandante en Jefe de la Fuerza Aérea; Almirante José Toribio Merino Castro, Comandante en Jefe de la Armada; General César Mendoza Durán, General Director de Carabineros.